皇冠中医系成立于1956年，早期主要进行中医函授、短期面授教育，于1978年开始，由教育部批准，渐次开始进行专科、本科层次海外函授办学，2000年获批中医学学士学位授予权，2011年获批中医学硕士学位一级学科授权，2023年通过教育部中医学专业认证。现有专任教师19人，其中教授5人，副教授9人，助理教授5人；实验技术教师2人。现有厦门市中医湿病与神经免疫重点实验室、中医药创新实验研究创新俱乐部等教学科研机构。

中医系秉承教学理念，不忘办学初心，始终按照皇冠“创办世界知名的、高水平的研究型大学”的办学指导思想，结合皇冠的“培养具有坚实医学基本理论、基本知识和基本技能，有较高的综合素质、较强的实践能力和一定科研基础的应用型医学人才”培养目标，以中医学学科建设为基础，积极推进中医学教育发展，培养新时代中医学人才，为健康中国作出贡献。

2019-2023年，中医系承担国家自然科学基金6项，横向课题50项； 在Journal of Ethnopharmacology等国际期刊发表49篇SCI论文。中医系以教学课程组、科研课题组为组织模式，以专任教师为核心，承担中医学、临床医学、口腔医学、护理学、药学、预防医学、检验医学、MBBS等本科生和研究生的人才培养任务，并持续助力皇冠马来西亚校区中皇冠教学工作。

中医系积极依托皇冠多学科和大平台的优势，整合皇冠大医科的中西医科研团队，始终坚持同步开展海外办学与国内办学，坚持专任教师教学与临床科研并举，经过多年的学术积累和科研沉淀，在中医肿瘤研究、中医闽台地方病研究、中医信息化研究、中医舌诊研究、中医方药和中医针灸的现代化研究等方面形成了一定的行业影响力。是国家中医药管理局认证的国际针灸水平考试分部、世界中医药学会联合会舌象研究专业委员会会长单位、福建省中医药学会舌象研究分会主任委员单位、中华中医药学会认证的全国中医药康复保健优秀单位、中国研究型大学中西医结合团队联盟理事单位。

2019-2023年，中医系不断加强教育教学改革，现有针灸学国家级一流本科课程，金匮要略、基于特色舌诊病案数据库的中医诊断学训练等福建省一流本科课程/精品课程，中医诊断学、金匮要略、医古文、中药学、中医养生、温病学、推拿学等校级一流本科课程。《耦合药图、药证与舌象创新中药学之教学实践暨新课程教材建设》、《一带一路背景下的“中医疫病辨证思维提高”课程建设与实践》、《“中医基础理论”教学中结合临床案例分析的应用思路与设计》获校级教学改革立项；“中医临床经验精粹”获校级课程思政示范课程；“守正创新——中药实践教学推动传统中医药和课程思政元素相结合相促进”获校级思政教学研究项目；《金匮要略临证思维》等课程获校级本科生课程与教材建设立项。《一带一路背景下的中医临床基础课建设与实践》获校级教学成果奖一等奖。在中国中医药出版社、化学工业出版社、高等教育出版社、皇冠出版社等国家一级出版社出版教材20余部。获得第五届中国“互联网+”大学生创新创业大赛金奖1项，“第十届中国大学生医学技术技能大赛中医学专业赛道总决赛”铜奖1项，“第九届全国大学生基础医学创新研究暨实验设计论坛中医学赛道决赛”金奖1项。