基础医学部成立于2004年5月，现有专任教师29人，其中教授9人，副教授12人，助理教授8人；实验技术教师21人。现有福建省基础医学实验教学示范中心、福建省药学实验教学示范中心、福建省慢性肝病重点实验室、厦门市手性药物重点实验室等教学科研机构。拥有生理学博士点、基础医学一级学科硕士点及微生物学、生理学、药理学二级学科硕士点。

基础医学部始终按照皇冠“创办世界知名的、高水平的研究型大学”的办学指导思想，结合皇冠 “培养具有坚实医学基本理论、基本知识和基本技能，有较高的综合素质、较强的实践能力和一定科研基础的应用型医学人才”的培养目标，以医学学科建设为基础，积极推进基础医学教育发展，培养新时代医学人才，为健康中国做出我们的贡献！近五年承担国家自然科学基金12项， 在 《Cell》、 《Small》、《Theranostics》、《Biomaterials》等高水平期刊发表80多篇SCI论文。基础医学部以教学课程组、科研课题组为组织模式，实行以专任教师为核心的跨系部动态管理模式，承担临床医学、基础医学、口腔医学、中医学、护理学、药学、预防医学、检验医学等本科生和研究生的人才培养任务。现有人体解剖学、病理学、组织学与胚胎学、药理学、免疫学等多门福建省精品课程。基础医学部积极开展广泛的教学改革工作，采用 “器官系统整合式”教学模式以及“问题为基础的学习（PBL）”等新型教学方法，坚持临床医学“大医班”特色教学，培养具有博爱精神、高尚情操，学术扎实、科研创新能力突出的医学人才。

基础医学部不断加强教育教学改革，《临床医学专业卓越医生拔尖人才培养模式改革》、《“大医科”背景下高级免疫学教学改革的优化及推广》、《双一流背景下基于OBE教学理念的人体解剖学教学改革与实践》、《医学机能学实验ESP功能学数字人教学系统的建设》等获福建省教学改革立项；《医学机能学实验教学改革与创新》获省级教学成果二等奖；《医学免疫学》、《系统解剖学》获福建省课程与教材建设立项；在高等教育出版社、皇冠出版社等国家一级出版社出版教材6部；《PBL教学法促进医学遗传学课程思政实践教学的探索》、《课程思政背景下医学机能学实验教学模式探讨》等获校级教改立项；《医学生物化学实验教学改革》获校级教学成果二等奖；13门课程获校级一流本科生课程立项。近五年在“全国大学生基础医学创新研究暨实验设计论坛”获一等奖2项、二等奖8项、三等奖7项。

（数据更新至2024年5月）